Sinopse: A segunda temporada teve 24 episódios e começou a ser transmitida a 22 de setembro de 2005. Um tema prevalecente em toda temporada é o conflito entre fé e ciência.

A história continua 44 dias depois da queda do avião. É revelada a existência da misteriosa Dharma Initiative e o seu benfeitor, Hanso Foundation. Vários personagens novos aparecem, incluindo os sobreviventes da cauda do avião Ana-Lucía Cortez, Bernard, Libby e Mr. Eko. São igualmente apresentados Desmond, um homem que diz chamar-se Henry Gale, e ainda outros habitantes da ilha. A verdade sobre os "Outros" começa a revelar-se e descobre-se um traidor entre os sobreviventes.